新冠肺炎疫情发生以来，南海疾控中心全体成员一直挺立在疫情防抗的最前线，目前已对30530份样品开展应急检测，第三方检测总数超过81万人份，累计共对53例确诊病例、77例无症状感染者进行精准的流行病学调查，对1897名密切接触者实施医学隔离观察。疫情早期，在国家、省、市均未有明确文件要求对出院病例开展随访管理时，南海疾控中心就主动对出院病例进行随访检测，先后发现了两例复阳病例，为广东省针对出院病例管理的政策制定贡献了“南海经验”。

与此同时，南海疾控中心也一直在大力促进公共卫生信息化建设，创新疾病防控管理模式做到早期预警，及时、准确发现传染病聚集性疫情。此外，2016年创新开展的“彩虹有爱”男同人群干预项目，扎实推动了艾滋病预防控制工作；而且南海还是全国首个、广东省唯一实行肺结核患者诊治“零负担”政策的地区，取得了良好的社会效益，有效减轻国家负担。